Há poucos riscos realmente associados ao tratamento. O mais comum deles é a gestação múltipla, que está associada a índices mais elevados de abortamentos, prematuridade, complicações neonatais e recém-nascidos de baixo peso.
A Síndrome da Hiperestimulação Ovariana é de ocorrência rara e decorre do tratamento medicamentoso realizado antes da captação dos óvulos. Doses elevadas das drogas indutoras da ovulação podem levar à estimulação exagerada dos ovários levando a dor abdominal e necessidade interrupção do tratamento e, em algumas situações, internação hospitalar.
É para evitar essas complicações que é realizada a monitorização do tratamento com o auxílio da ultra-sonografia transvaginal.

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